Find all markers at a range of resolutions
find_all_markers(seu, metavar = NULL, seurat_assay = "gene", ...)A seurat object.
A metadata variable to group by.
Assay to use, Default "gene".
markers_stashed_seu <- find_all_markers(panc8)
#> stashing presto markers for gene_snn_res.0.2
#> stashing presto markers for gene_snn_res.0.4
#> stashing presto markers for gene_snn_res.0.6
#> stashing presto markers for gene_snn_res.0.8
#> stashing presto markers for gene_snn_res.1
#> stashing presto markers for gene_snn_res.1.2
#> stashing presto markers for gene_snn_res.1.4
#> stashing presto markers for gene_snn_res.1.6
#> stashing presto markers for gene_snn_res.1.8
#> stashing presto markers for gene_snn_res.2
marker_genes <- Misc(markers_stashed_seu, "markers")
str(marker_genes)
#> List of 10
#> $ gene_snn_res.0.2:List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [1,200 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:1200] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:1200] 5.12 3.84 2.55 2.42 2.18 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:1200] 2.53e-88 9.32e-124 4.93e-89 3.22e-94 1.37e-88 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:1200] 6.92 6.44 4.71 3.57 3.25 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:1200] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [6 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:6] "0" "1" "2" "3" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:6]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.0.4:List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [1,600 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:1600] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:1600] 5.11 3.84 2.54 2.44 2.19 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:1600] 8.94e-87 1.90e-122 4.38e-87 2.08e-95 1.71e-87 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:1600] 6.97 6.49 4.74 3.61 3.28 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:1600] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [8 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:8] "0" "1" "2" "3" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:8]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.0.6:List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [1,800 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:1800] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:1800] 5.11 3.84 2.54 2.44 2.19 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:1800] 8.94e-87 1.90e-122 4.38e-87 2.08e-95 1.71e-87 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:1800] 6.97 6.49 4.74 3.61 3.28 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:1800] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [9 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:9] "0" "1" "2" "3" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:9]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1601 1602 1603 1604 1605 1606 1607 1608 1609 1610 ...
#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.0.8:List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [1,800 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:1800] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:1800] 5.01 3.67 2.41 2.31 2.18 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:1800] 1.99e-77 9.72e-105 5.66e-72 8.42e-79 4.88e-79 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:1800] 7.11 6.53 4.75 3.61 3.36 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:1800] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [9 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:9] "0" "1" "2" "3" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:9]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1601 1602 1603 1604 1605 1606 1607 1608 1609 1610 ...
#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.1 :List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [1,800 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:1800] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:1800] 5.01 3.67 2.41 2.31 2.18 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:1800] 1.99e-77 9.72e-105 5.66e-72 8.42e-79 4.88e-79 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:1800] 7.11 6.53 4.75 3.61 3.36 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:1800] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [9 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:9] "0" "1" "2" "3" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:9]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1601 1602 1603 1604 1605 1606 1607 1608 1609 1610 ...
#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.1.2:List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [2,200 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:2200] "GCG" "TTR" "CHGB" "CRYBA2" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:2200] 4.88 3.45 2.39 2.29 2.28 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:2200] 8.47e-63 9.08e-80 1.13e-61 4.40e-87 1.33e-63 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:2200] 7.34 6.59 4.89 2.87 3.74 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:2200] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [11 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:11] "0" "1" "10" "2" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:11]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1601 1602 1603 1604 1605 1606 1607 1608 1609 1610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1801 1802 1803 1804 1805 1806 1807 1808 1809 1810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 ...
#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.1.4:List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [2,400 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:2400] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:2400] 4.65 3.35 2.31 2.25 2.23 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:2400] 9.24e-49 3.18e-67 3.60e-50 2.66e-54 1.62e-70 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:2400] 7.32 6.63 4.91 3.79 2.9 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:2400] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [12 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:12] "0" "1" "10" "11" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:12]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1601 1602 1603 1604 1605 1606 1607 1608 1609 1610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1801 1802 1803 1804 1805 1806 1807 1808 1809 1810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2201 2202 2203 2204 2205 2206 2207 2208 2209 2210 ...
#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.1.6:List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [2,400 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:2400] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:2400] 4.65 3.35 2.31 2.25 2.23 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:2400] 9.24e-49 3.18e-67 3.60e-50 2.66e-54 1.62e-70 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:2400] 7.32 6.63 4.91 3.79 2.9 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:2400] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [12 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:12] "0" "1" "10" "11" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:12]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1601 1602 1603 1604 1605 1606 1607 1608 1609 1610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1801 1802 1803 1804 1805 1806 1807 1808 1809 1810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2201 2202 2203 2204 2205 2206 2207 2208 2209 2210 ...
#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.1.8:List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [3,000 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:3000] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
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#> .. ..$ avgExpr : num [1:3000] 7.27 6.57 4.85 3.74 3.39 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:3000] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [15 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:15] "0" "1" "10" "11" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:15]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
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#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1601 1602 1603 1604 1605 1606 1607 1608 1609 1610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1801 1802 1803 1804 1805 1806 1807 1808 1809 1810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2201 2202 2203 2204 2205 2206 2207 2208 2209 2210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2401 2402 2403 2404 2405 2406 2407 2408 2409 2410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2601 2602 2603 2604 2605 2606 2607 2608 2609 2610 ...
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#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE
#> $ gene_snn_res.2 :List of 1
#> ..$ presto: gropd_df [3,000 × 5] (S3: grouped_df/tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. ..$ Gene.Name : chr [1:3000] "GCG" "TTR" "CHGB" "TM4SF4" ...
#> .. ..$ Average.Log.Fold.Change: num [1:3000] 4.44 3.14 2.12 2.08 1.88 ...
#> .. ..$ Adjusted.pvalue : num [1:3000] 1.09e-35 1.05e-45 1.15e-32 2.56e-36 4.04e-49 ...
#> .. ..$ avgExpr : num [1:3000] 7.32 6.58 4.83 3.74 3.4 ...
#> .. ..$ Cluster : chr [1:3000] "0" "0" "0" "0" ...
#> .. ..- attr(*, "groups")= tibble [15 × 2] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
#> .. .. ..$ Cluster: chr [1:15] "0" "1" "10" "11" ...
#> .. .. ..$ .rows : list<int> [1:15]
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 201 202 203 204 205 206 207 208 209 210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 401 402 403 404 405 406 407 408 409 410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 601 602 603 604 605 606 607 608 609 610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 801 802 803 804 805 806 807 808 809 810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1001 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009 1010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1201 1202 1203 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1401 1402 1403 1404 1405 1406 1407 1408 1409 1410 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1601 1602 1603 1604 1605 1606 1607 1608 1609 1610 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 1801 1802 1803 1804 1805 1806 1807 1808 1809 1810 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2201 2202 2203 2204 2205 2206 2207 2208 2209 2210 ...
#> .. .. .. ..$ : int [1:200] 2401 2402 2403 2404 2405 2406 2407 2408 2409 2410 ...
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#> .. .. .. ..@ ptype: int(0)
#> .. .. ..- attr(*, ".drop")= logi TRUE